Tiểu huyện (king amphoe) Yan Ta Khao đã được lập ngày 1 tháng 1 năm 1948 và thuộc huyện Kantang. Ban đầu bao gồm 6 tambon - Yan Ta Khao, Nong Bo và Thung Khai được tách ra từ huyện Kantang, Na Chum Het từ huyện Mueang Trang, Nai Khuan và Phrong Chorakhe từ Palian.[1] Đơn vị này đã được nâng cấp thành huyện ngày ngày 5 tháng 6 năm 1956.[2]